Файл может содержать в себе инициализацию обработчиков событий, подключение дополнительных функций - общие для всех сайтов. В этом случае он располагается по пути /bitrix/php_interface/init.php.
Для каждого отдельного сайта может быть свой аналогичный файл. В этом случае он располагается по пути /bitrix/php_interface/ID сайта/init.php.
Если есть оба файла, то система подключит оба, но первым при этом будет файл /bitrix/php_interface/init.php.
Начиная с версии 14.0.1 рекомендуется размещать этот файл в папке /local по пути /local/php_interface/ID сайта/init.php. Файл /bitrix/php_interface/init.php при этом перестаёт работать.

Битрикс по умолчанию юзает версию jquery 1.8, чтобы заменить ее на любую другую нужно произвести ее перерегистрацию.
Для этого в файле Init.php добавляется следующий обработчик:

AddEventHandler("main", "OnPageStart", "registerJqueryHandler");
function registerJqueryHandler()
{
	//Hack: when init first extension - bitrix register standart extensions
	$emptyHack = [
		'css' => "",
		'skip_core' => true,
	];
	\CJSCore::RegisterExt('emptyHack', $emptyHack);
	\CJSCore::Init('emptyHack');

	$arJSLib = array(
		'js' => '/bitrix/js/main/jquery/jquery-1.12.4.min.js',
		'skip_core' => true
	);
	\CJSCore::RegisterExt('jquery', $arJSLib);

}

emptyHack — для обхода некого битрикс бага касательно первого CJSCore::Init(); /bitrix/js/main/jquery/jquery-1.12.4.min.js — это путь до jquery файла с новой версией загруженного на сервер или с googleapis;

далее в шаблоне сайта или в каком либо компоненте:

CJSCore::Init('jquery');

и больше не надо нигде никаких:

$APPLICATION->AddHeadScript(SITE_TEMPLATE_PATH . '/js/jquery-1.12.4.min.js');
//или
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.12.4/jquery.min.js"></script>

Создать файл: /bitrix/php_interface/include/add_top_panel.php
Содержимое:

if ($USER->IsAdmin()){
	$arMenu = array();
	$arMenu[] = array(
		"TEXT"  => 'Тестовая страница',
		"TITLE"  => '',
		"ICON"  => "panel-edit-text",
		"ACTION" => "jsUtils.Redirect(arguments, '/test/')",
		"DEFAULT" => false,
	);
	$arMenu[] = array('SEPARATOR' => "Y"); // разделитель
	$arMenu[] = array(
		"TEXT"  => 'Тестовая страница 2',
		"TITLE"  => '',
		"ICON"  => "panel-edit-text",
		"ACTION" => "jsUtils.Redirect(arguments, '/test_2/')",
		"DEFAULT" => false,
	);
	$arMenu[] = array('SEPARATOR' => "Y");
	$APPLICATION->AddPanelButton(array(
	"HREF" => '',
	"ICON" => "bx-panel-components-icon",
	"ALT" => 'Дополнительная панель для администратора',
	"TEXT" => 'Админка',
	"MAIN_SORT" => 1700,
	"SORT" => 100,
	"MENU" => $arMenu,
	));
}

Если не делать праверку на администратора то пустую админ-панель только с своим меню будут видеть все пользователи
Из непровереного, можно подключать языковые файлы
Путь к меню: /bitrix/php_interface/include/lang/язык/add_top_panel.php
Подключаем так:

__IncludeLang($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/bitrix/php_interface/include/lang/' . LANGUAGE_ID .  '/' . basename(__FILE__));

Скрыть элементы главного меню в админпанели или Стилизация админки
Создать файл: /bitrix/php_interface/admin_header.php
Содержимое:

<style>
	.adm-main-menu-item:nth-child(3),
	.adm-main-menu-item:nth-child(6),
	.adm-main-menu-item:nth-child(10){
		display:none !important
	;}
</style>

Находясь в админке сайта зайдите на страницу «Настройки» → «Инструменты» → «Командная PHP-строка». В командной строке выполните следующие команды: require($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/bitrix/modules/main/classes/general/backup.php"); var_dump(CPasswordStorage::Get('dump_temporary_cache'));